Grundsätzlich erfolgt eine Erstuntersuchung aller Flüchtlinge bereits während ihres Aufenthaltes in der Erstaufnahmeeinrichtung auf akute und ansteckende Krankheiten. Diese befindet sich im Fall von Brandenburg in Eisenhüttenstadt. Das Gesundheitsministerium hat das Städtische Krankenhaus Eisenhüttenstadt mit der Durchführung der gesundheitlichen Erstuntersuchung nach § 62 Asylverfahrensgesetz beauftragt. Mittlerweise führen auch andere Krankenhäuser der Außenstellen der Erstaufnahmeeinrichtung die Erstuntersuchung durch bzw. werden sie in Zukunft durchführen (so in den kreisfreien Städten Cottbus, Frankfurt (Oder) und Brandenburg an der Havel, in Doberlug-Kirchhain das Elbe-Elster Klinikum). Erst nach erfolgter Untersuchung werden die Flüchtlinge dann auf die einzelnen Städte/ Kommunen verteilt. Die Flüchtlinge verbleiben in der Erstaufnahmeeinrichtung (und Außenstellen) bzw. im zuständigen Klinikum, wenn im Zuge der Untersuchungen ansteckende Erkrankungen festgestellt werden.

Danach verläuft die ärztliche Versorgung über niedergelassene Ärzte und Krankenhäuser, in der Regel ist die Behandlung dann nur auf eine Notfallbehandlung eingeschränkt (akute Erkrankungen und Schmerzen)