Jeder Betriebsinhaber wird ab 2005 auch Zahlungsansprüche für Stilllegungsflächen erhalten. Die Höhe der Zahlungsansprüche wird ermittelt, indem die beantragte Ackerfläche mit dem Flächenstilllegungssatz von 8,73 % (Region Brandenburg/Berlin) multipliziert wird. Dabei wird grundsätzlich die gesamte Ackerfläche des Betriebes einbezogen (auch Flächen auf denen Zuckerrüben, Kartoffeln, Obst und Gemüse sowie Ackerfutter angebaut werden). Dagegen sind Flächen ausgeschlossen, die für Dauerkulturen, nicht landwirtschaftliche Zwecke oder Dauergrünland genutzt werden.

Wer an der Betriebsprämienregelung teilhaben will, ist zur Stillegung verpflichtet. Ausgenommen von der Verpflichtung zur Stilllegung sind Kleinerzeuger (Schwellenwert für Kleinerzeuger in der Erzeugerregion Brandenburg: 23,31 ha) und Biobetriebe. Die Kleinerzeugergrenze bezieht sich nicht nur mehr auf die Getreidefläche, sonder auf die gesamtbetriebliche Ackerfläche.

Die zugeordneten Stilllegungsrechte müssen in vollem Umfang aktiviert werden, um die Betriebsprämie zu erhalten. Auch Biobetriebe bekommen Stilllegungsrechte, wenn die Kleinerzeugergrenze überschritten ist, brauchen aber keine Flächen stillzulegen. Diese Rechte können im Rahmen des Anbaus aktiviert werden.

Deutschland legt eine Mindestgröße von 0.1 ha und Mindestbreite von 10 m für stillgelegte Flächen fest.

Stilllegungsauflagen:

1. Obligatorisch stillgelegte Flächen müssen grundsätzlich in einem guten landwirtschaftlichen und ökologischen Zustand gehalten werden. Sie dürfen nicht für landwirtschaftliche Zwecke oder zum Pflanzenbau für gewerbliche Zwecke genutzt werden. Sie dürfen in den Fruchtwechsel einbezogen werden.
   
   
2. Obligatorisch stillgelegte Flächen sind der Selbstbegrünung zu überlassen oder durch eine gezielte Aussaat zu begrünen. Dabei ist das Begrünen mit landwirtschaftlichen Kulturpflanzen, insbesondere Getreide, Ölsaaten und Eiweißpflanzen, in Reinsaat verboten.
   
   
3. Der Aufwuchs ist zu zerkleinern und auf der jeweiligen Fläche ganzflächig zu verteilen. Im Zeitraum vom 01. April bis zum 15. Juni sind diese Maßnahmen verboten.
   
   
4. Das Entfernen sowie jede landwirtschaftliche Nutzung des während des Stilllegungszeitraumes (15. Januar bis 31. August) entstandenen Bewuchses ist verboten. Der Bewuchs darf auch nicht zur Saatguterzeugung verwendet werden.
   
   
5. Nach Ablauf des Stilllegungszeitraumes ist auf den Stilllegungsflächen bis zum 15. Januar des folgenden Jahres jede zur Vermarktung bestimmte pflanzliche Erzeugung verboten. Der Futterbau zur Nutzung im eigenen Betrieb ist zulässig. Ein Futterverkauf an Dritte ist verboten.