Der Landkreis Elbe-Elster verfügt über ein großes Netz an natürlichen Wasserläufen, Bächen und Seen. Hervorzuheben sind die die namensgebenden Flüsse des Landkreises wie die Schwarze Elster mit einem Durchfluss von 87,1 km, die Kleine Elster mit einem Durchfluss von 59,4 km und die Elbe mit einem Durchfluss 14,6 km.
